大多数女性性交后的腹痛都是生理性的。性交时男性阴茎抽动，会对女性阴道、腹腔及盆腔器官产生剧烈刺激，在性高潮时会出现阴道及盆腔器官充血，组织发生收缩或痉挛，引起腹痛。性兴奋可能会掩盖腹痛，在性交后腹痛就会变得明显。这种情况比较常见，通常可以忍受，并且过一段时间疼痛会自行消除。
另一类引起腹痛的常见情况是性交性膀胱炎，也称为蜜月膀胱炎，是由于尿道在性生活中受机械刺激所造成的。这种情况下，改变性交的体位，减少对阴道前壁的压迫，以及在性生活后马上排空膀胱，都有助于减轻症状。
此外，如果女性盆腔器官或阴道内存在器质性的病变或炎症，比如霉菌感染、子宫内膜异位症，在性生活的时候也可能会造成局部的刺激，往往是在性交过程中即有疼痛，在结束后更为明显，这就需要马上去医院检查了
